L’Ordine fu governato da Luogotenenti quando il posto di Gran Maestro era vacante e/o prima della sua elezione. Il sistema di numerazione tradizionale dei Gran Maestri non comprende il fondatore dell’Ospedale (il Beato Gerardo); perciò du Puy viene elencato come primo Gran Maestro dell’Ordine.
00.Fra’ Geraldo (Fondatore dell’Ordine)
01.Raymond du Puy (Pius)
02.Auger de Balben
03.Arnaud de Comps
04.Gilbert d’Assailly (d’Assalit)
05.Cast de Murols (Fra Gastus)
06.Joubert of Syria
07.Roger de Moulins
08.Ermengard d’Asp (provisor until new election)
09.Garnier de Naplous(e)
10.Geoffroy de Dunjon (Godfrey de Duisson)
11.Alfonso of Portugal
12.Geoffroy (Godfrey) le Rat
13.Guerin de Montaigu
14.Bertrand de Thessy (Texis)
15.Guerin de Montacute Lebrun
16.Bertrand de Comps
17.Pierre de Vieille-Brioude (Villebride)
18.Guillaume de Chateauneuf
19.Hugues (Hugh) de Revel
20.Nicolas de Lorgne
21.Jean de Villiers
22.Odon (Odo) de Pins
23.Guillaume de Villaret
24.Foulques (Fulk) de Villaret
25.H�lion de Villeneuve
26.Dieudonn� de Gozon
27.Pierre de Cornillan
28.Roger de Pins
29.Raymond Berenger
30.Robert de Juilly ( Juilliac)
31.Juan Fernandez de Heredia
32.Philibert de Naillac
33.Antonio de Fluvia (Fluvian)
34.Jean de Lastic
35.Jacques (ou Jobert) de Milly
36.Raimundo Zacosta
37.Giovan Battista Orsini
38.Pierre d’Aubusson (Cardinal)
39.Emery d’Amboise dit Chaumont
40.Guy de Blanchefor
41.Fabrizio del Carretto
42.Philippe Villiers de l’Isle Adam
43.Pierino del Ponte
44.Didier de Tholon Sainte-Jalle (Saint Jaille)
45.Juan de Homedes y Cosc�n
46.Claude de la Sangle
47.Jean (Parisot) de la Valette
48.Pietro (Ciocchi) del Monte (San Savino)
49.Jean (l’Evesque) de la Cassi�re
50.Hugues (Loubenx) de Verdale
51.Martin Garzes
52.Alof de Wignacourt
53.Luis Mendez de Vasconcellos
54.Antoine de Paule
55.Paul (Jean-Baptiste) Lascaris de Castellar
56.Martin de Redin (y Cruzat)
57.Annet de Clermont (de Chattes Gessan)
58.Rafael Cotoner (de Oleza)
59.Nicolas Cottoner (de Oleza)
60.Gregorio Caraffa (della Roccella)
61.Adrien de Wignacourt
62.Ramon Perellos (y Rocafull)
63.Marcantonio Zondadari
64.(Antonio) Manoel de Vilhena (Villena)
65.Ramon Despuig (y Martinez de Marcilla)
66.(E)Manuel Pinto da Fonseca
67.Francisco Ximenez de Texada
68.Ernmanuel de Rohan de Polduc
69.Ferdinand von Hompesch
70. Emperor Paul I of Russia
71. Grand Duke Alexander Mikailovitch
72.Grand Duke Alexander Mikailovitch
73.Prince Don Roberto Paterno Castello dei Duchi di Carcaci Guttadauro d’Ayerbe d’Aragona e d’Emanue
74.Prince Henri de Vigo Lascaris Paleologo
75.Prince Don Roberto Paterno Castello dei Duchi di Carcaci Guttadauro d’Ayerbe d’Aragona e d’Emanue, Gran Maestro incarico provvisorio ( 2001 – 2003 )
76.S.E. Louis Scerri¨ Montaldo 2003-2006
77.S.A.S. Don Basilio Cali’¨ di San Lorenzo, Duca di Jedisa’n, Gran Duca di Emmatha’, Principe di Cefalù di Avila di Castiglia D’Aragona di Borbone, Principe di Minervino Murge e dal 1° Gennaio 2007, 77° Gran Maestro del Sovrano Ordine O.S.J. Malta è attualmente presente.